La fortaleza que alberga el museo, el Castillo de San José, fue construida entre los años 1774-1779 con el fin de paliar la situación de extrema pobreza que vivía la isla tras las erupciones volcánicas que arrasaron una de las zonas más fértiles de cultivo. Por ese motivo se la conoció popularmente como la “fortaleza del hambre”.

Más tarde sirvió como depósito de municiones y en 1968 el Ejército, propietario del castillo, lo vende al Cabildo de Lanzarote, destacando en el acuerdo que fuera destinado, única y exclusivamente a causa de utilidad pública. En 1970 el Cabildo inicia la restauración y acondicionamiento del edificio bajo la dirección del artista César Manrique.

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