En 1929, tras la muerte de su padre, ingresa como aprendiz de tallista en una carpintería. Dos años más tarde se apunta a los cursos nocturnos de la Escuela de Artes y Oficios. En 1936 se encuentra cumpliendo el servicio militar en Ceuta cuando estalla la Guerra Civil. Durante la contienda recorre diversos frentes como dibujante. Terminada la conflagración es licenciado y decide marcharse a Madrid.
En la capital se matricula en la Escuela Superior de Bellas Artes de San Fernando y financia sus estudios pintando carteles para el cine y dando clases de pintura en el Liceo Francés. En 1945 termina sus estudios en Bellas Artes. A partir de este momento y durante los años siguientes realizará varios viajes por Europa en los que puede observar la evolución del arte europeo inmediatamente después de la Segunda Guerra Mundial y las creaciones de los artistas españoles que habían cruzado la frontera tras el triunfo del general Franco.
En una visita a Roma, en 1948, conoce a la periodista norteamericana Roxane Pollock, con la que contraerá matrimonio al año siguiente, trasladándose a vivir a Estados Unidos. Al poco de llegar a Norteamérica conectó con los principales protagonistas de la Escuela de Nueva York, artistas casi de su misma edad, como Pollock, Motherwell, Kline, Barnett Newman, Clyfford Still, Willem de Kooning, Mark Rothko, etc. Durante estos primeros años, la abstracción de Guerrero está llena de reminiscencias europeas y de ecos figurativos.
Sus obras combinan una geometría post-cubista y planteamientos ya gestuales, característicos del expresionismo abstracto. En 1953 adquiere la nacionalidad norteamericana. José Guerrero pasó parte de los años 1955 y 1956 en París. En ese momento el expresionismo abstracto empieza a ser la tendencia dominante en Madrid (con Carlos Saura) y en Barcelona (con Antoni Tápies). Esta coincidencia de intereses no implica, sin embargo, identidad de resultados; la obra de Guerrero estaba entonces carente de referencias españolas explícitas. Sin embargo, en los comienzos de la década de los sesenta, se produce el reencuentro del artista con sus raíces andaluzas.
Mientras otros abstractos se despojaban de los aspectos más expresivos de su trabajo, Guerrero persistió en el camino que se había trazado, encontrando en su país natal la clave de su obra futura. En los últimos años sesenta y, sobre todo, en la década de los setenta, a partir de las Fosforescencias (obras que José Guerrero aseguraba habían nacido de la contemplación de una caja de cerillas en un avión) surge la obra definitoria y culminante de su trayectoria. Es en este momento cuando le concede gran importancia a los bordes, a las zonas en que unos colores coexisten con otros; lo que le interesa es que el color fluya, que el cuadro tenga tensión, luminosidad, que esté cargado de energía.
Un claro ejemplo de este período lo encontramos en la pintura Bandas verticales, de 1976. Los colores de estas obras (azul, rojo, amarillo, negro) reúnen unas características que recuerdan, en cierta manera, a Matisse. Los años finales de la década de los setenta y el inicio de la siguiente constituyeron una etapa especialmente emotiva e intensa para José Guerrero.
Los jóvenes artistas y la nueva crítica española le dedicaron toda suerte de elogios y homenajes, el pintor vivió todo aquello como una segunda juventud. Sin embargo, la enfermedad se fue haciendo presa en su cuerpo y su pintura se volvió más áspera, aparecieron colores como el verde oliva, el naranja o el violeta nunca antes utilizados por él.
